ზამთარში ხე სიმშვიდის მდგომარეობაში იმყოფება და გაზაფხულამდე მისი აქტიური განვითარება დროებით შეჩერებულია. სიმშვიდის პერიოდი ისევე აუცილებელია მცენარის სიცოცხლისუნარიანობისთვის როგორც აქტიური ზრდის პერიოდი. ამიტომ,ზამთარში ბონსაის სითბოში შემოტანა, მხოლოდ იმ მოტივით რომ მას “შეიძლება შეცივდეს”, მცენარისთვის დამღუპველია. რა თქმა უნდა, თუ მას 1-2 დღით ოთახში შემოვიტანთ, ინტერიერის გასალამაზებლად, ეს ზიანის მომტანი არ იქნება. მაგრამ თუ მთელი ზამთარი სითბოში იქნება, რაღაც პერიოდის შემდეგ, აუცილებლად გახმება.
ზომიერი კლიმატის რეგიონებში, იქ სადაც ზამთარი არც ისე მკაცრია, ბონსაი არ მოითხოვს რამე განსაკუთრებულ პირობებს გამოზამთრებისათვის. მაგრამ იმ რეგიონებში სადაც ტემპერატურა ზამთარში დაბალია (-5⁰ და ქვემოთ), აუცილებელია მცენარის ყინვისგან დაცვა. განსაკუთრებით ეს ფესვებს ეხება. ბონსაის ფესვები არ არის ღრმად მიწაში ჩაფლული და ამის გამო ადვილად შეიძლება გაიყინოს. ბონსაის გამოზამთრებისათვის იყენებენ ე.წ. ცივ სათბურებს. აგებენ პატარა სათბურის მსგავს ხის ან ლითონის კარკასს და ფარავენ ნახევრად გამჭვირვალე, თეთრი პოლიეთილენის ნაჭრით. თვითონ მცენარე ცივ სათბურში შენახვამდე ერთხელ კარგად მორწყეთ და კონტეინერიანად ქვიშით ან ნახერხით დაფარეთ. ასეთ პირობებში მცენარის ფესვები დაცულია ყინვისაგან და აღარ ითხოვს მორწყვას თითქმის მთელი ზამთრის განმავლობაში. თუ სათბური ვერ კეთდება, უნდა აიღოთ რამე დიდი ჭურჭელი, ჩავდოთ ბონსაი და შევავსოთ ქვიშით, ისე რომ ბონსაი მიწის ზედაპირი 5 სანტიმეტრით მაინც დაიფაროს. ასევე შესაძლებელია გამოზამთრება მოხდეს გრუნტში. ამოთხარეთ ორმო, ბონსაი კონტეინერიანად მოათავსეთ ორმოში, რაც შეიძლება ღრმად და შეავსეთ მიწით.
არის შემთხვევები, როდესაც გაზაფხულზე, კვირტების გაშლის შემდეგ გარემო ტემპერატურა მოულოდნელად, 0⁰ გრადუსზე ქვემოთ ეცემა. ამ დროს ახლად ამოსული ფოთლები და ყლორტები ძალიან ხშირად იყინება და ხმება. ამიტომ მუდმივად ყურადღებით იყავით, ასეთ შემთხვევისას ან შეფუთეთ მცენარე ან გადაიტანეთ ისეთ ადგილას სადაც ყინვა არ ემუქრება.