“რა სიმაღლის უნდა იყოს ბონსაი?” ამ კითხვაზე ზუსტი, მათემატიკურად განსაზღვრული პასუხი არ არსებობს. ბონსაი შეიძლება სულ რაღაც 5 სანტიმეტრი, ან “გიგანტური”- 2 მეტრამდე სიმაღლის იყოს. არსებობს ბონსაის ზომის მიხედვით განსხვავების ტრადიციული კლასიფიკაცია და შესაბამისი იაპონური ტერმინოლოგია:
Keishi 2.5 სმ. (მინიატურული)
Shito 7.5 სმ (ძალიან პატარა)
Mame 15 სმ (პატარა)
Shohin 20 სმ (საშუალო)
Kifu Sho 40 სმ. (საშუალოდ დიდი)
Chiu 60 სმ (დიდი)
Dai 100 სმ (ძალიან დიდი)
Hachi-uye 150-200 სმ (გიგანტური)
ბევრი სპეციალისტი თუ მოყვარული აუცილებლობას ვერ ხედავს “წვრილ-წვრილ” დაყოფაში და ძირითადად ოთხ კატეგორიას ანიჭებს უპირატესობას:
პატარა ბონსაი: 5-15 სმ;
საშუალო ზომის ბონსაი: 15-50 სმ;
დიდი ზომის ბონსაი: 50-100 სმ;
გიგანტური ბონსაი: 100სმ-ზე მეტი.
რასაკვირველია, ზომის მიხედვით კატეგორიებად დაყოფა პირობითია და არასდროს ცდილობენ შეაფასონ ბონსაის ღირებულება მხოლოდ მისი სიმაღლის მიხედვით. ძალიან ხშირად, ნერგზე მუშაობისას, ფაქტობრივად თვითონ მცენარე “უკარნახებს” თუ რა ზომის უნდა იყოს მომავალი ბონსაი.
განსაკუთრებულ ყურადღებას მოითხოვს მინიატურული ბონსაი. ზომის სიმცირის გამო ფორმირება დიდი სიფრთხილით უნდა შესრულდეს. სიცოცხლის ხანგრძლივობაც, როგორც ამბობენ, შედარებით მცირეა ვიდრე საშუალო ან დიდი ზომის მცენარეების. ასეთ ბონსაის მოვლაც უფრო ფაქიზი უნდა: ზამთარში აუცილებლად უნდა ყინვისგან დაცვა, ზაფხულში, სიცხეში კი მორწყვა შეიძლება დღეში ორჯერ-სამჯერ დასჭირდეს. ყველა სირთულესთან ერთად, ასეთი ზომის ბონსაიზე მუშაობას აქვს თავისი პლუსი: მისი შექმნა და “სრულყოფამდე” მიყვანა უფრო ნაკლებ დროშია შესაძლებელი.