არსებობს მოსაზრება, რომ მინიატურული ხეების ქოთანში გაზრდა ძველ ეგვიპტეში დაიწყეს. შეიძლება ძველ ბაბილონში, სემირამიდის დაკიდებული ბაღებიც ჩაითვალოს ბონსაის შექმნის საფუძვლად. მაგრამ თანამედროვე, კლასიკური ბონსაის წარმოშობა უდავოდ ჩინეთს უკავშირდება. ზუსტი თარიღი, თუ როდის დაიწყეს ქოთანში მინიატურული ხეების გაზრდა უცნობია. ჩინეთში, 1972 წელს აღმოაჩინეს პრინც ძან ჰუაის სამარხი (რომელიც 706 წელს გარდაიცვალა). სამარხის კედელზე არის ნახატი: მსახურს ხელში უჭირავს ქოთანში მოთავსებული მინიატურული ლანდშაფტი, პატარა ქვებითა და ხეებით. ეს არის ჩვენ დრომდე შემორჩენილი, ქოთანში ჩარგული მინიატურული ხეების,ყველაზე ადრეული გამოსახულება.
კლდოვანი გრუნტი, მთის მკაცრი კლიმატი მცენარეს ნორმალური განვითარების საშუალებას არ აძლევს. ასეთ პირობებში გაზრდილი ხე, როგორც წესი დიდი ვერ იზრდება. მისი ტანი, ტოტები და ფესვები უცნაურად არის დეფორმირებული.ვარაუდობენ რომ, ჩინეთში, ადრეული მინიატურული ლანდშაფტების შესაქმნელად, სწორედ ასეთ ხეებს აგროვებდნენ და რგავდნენ პატარა ქოთნებში.
გარკვეული პერიოდის შემდეგ მინიატურული ხეების შექმნის კულტურა იაპონიაში გავრცელდა, როგორც ვარაუდობენ, ჩინეთიდან ჩასული ბუდისტი ბერებისა და დიპლომატების მიერ ჩატანილი ეგზემპლარების საშუალებით (VII-IX საუკუნეები). უძველესი იაპონური ნახატი, სადაც ქოთანში ჩარგული მინიატურული ხეა გამოსახული XII საუკუნით თარიღდება. ჰაჩინოკი- იაპონიაში ამ ტერმინით მოიხსენიება მინიატურული ხეები, XIV საუკუნისთვის.
XVIII საუკუნის ბოლოს, XIX საუკუნის დასაწყისში იაპონიაში უკვე დაიწყეს მინიატურული ხეების ფორმირება რაც კლასიკური ბონსაის ტრადიციის დასაწყისი გახდა. ქოთანში ჩარგული პატარა ხეების გაზრდის კულტურა კი უკვე მყარად ჩამოყალიბდა იაპონურ ტრადიციაში. იშვიათობისა და სიძვირის გამო მინიატურული ხეების შეძენა მხოლოდ ელიტარული ფენის პრივილეგია იყო.
XIX საუკუნის დასაწყისში, (ზუსტი დრო უცნობია), იაპონიის ქალაქ იტამიში, შეიკრიბნენ სპეციალისტები, რომლებმაც გადაწყვიტეს შეემუშავებინათ მინიატურული ხეების შექმნის განვითარების გზები. მათ შეცვალეს ყველა ადრეული ტერმინი, (რომელიც იხმარებოდა ქოთანში ჩარგული მინიატურული ხეების დასახელებისთვის), სიტყვით ბონსაი. თუმცა ამ ტერმინმა თითქმის ერთი საუკუნე, როგორც იტყვიან, ფეხი ვერ მოიკიდა.
უტაგავა სადახიდე, 1861
1866-1869 წლების რეფორმების შემდეგ, (ე.წ მეიძინ რევოლუცია. როდესაც იაპონიაში სერიოზული პოლიტიკური და სოციალური ცვლილებები მოხდა) იწყება ბონსაის აქტიური განვითარების ეტაპი. ამ პერიოდისთვის იაპონიამ, ორსაუკუნოვანი სრული იზოლაციის შემდეგ, გახსნა თავის საზღვრები დანარჩენი მსოფლიოსთვის, რამაც ხელი შეუწყო ბონსაის გავრცელებას სხვა ქვეყნებში. 1900 წელს, მსოფლიო გამოფენის დროს, პარიზში, ევროპამ ფაქტობრივად პირველად ნახა ბონსაი. თავდაპირველად დასავლეთმა არცთუ კარგად მიიღო ბონსაი. თუმცა ნელ-ნელა აზრი შეიცვალა და XX საუკუნის 30-იანი წლების ბოლოს მას უკვე ხელოვნების ერთ-ერთ მიმდინარეობად თვლიდნენ.
როგორც ამბობენ, II მსოფლიო ომის დამთავრების შემდეგ, ყოფილა შემთხვევები, როდესაც სახლში დაბრუნებულ ამერიკელ მეომრებს, იაპონიიდან ჩაუტანიათ ბონსაი. თუმცა სწორი მოვლის არცოდნის გამო ეს მცენარეები მალევე გაფუჭებულა. დასავლეთს საკმაო დრო დასჭირდა ბონსაის შექმნის შესასწავლად და თუ დღეს ბონსაი პოპულარულია, ეს პირველ რიგში ალბათ დასავლეთში მცხოვრები იაპონელების დამსახურებაა.
ბონსაის მსგავსი ტრადიცია არსებობს ვიეტნამსა და კორეაში. კორეელები თვლიან რომ, მინიატურული ლანდშაფტებისა და ხეების ტრადიცია ჩინეთიდან პირველად კორეაში გავრცელდა და მხოლოდ ამის შემდეგ იაპონიაში. რაც შეეხება ჩინეთს, ამჟამად ჩინეთში მინიატურული ხეებისა და ლანდშაფტების ხელოვნებას პინინ (盆景პეიზაჟი ქოთანში) და პენზაი (盆栽ქოთნის მცენარე) ჰქვია და ოდნავ განსხვავდება იაპონური კლასიკური ბონსაისგან. თვითონ ტერმინი ბონსაი, როგორც ბონსაის ისტორიის ბევრი მკვლევარი აღნიშნავს, ჩინური ტერმინის, პენზაი, იაპონური გამოთქმაა.
ამჟამად ბონსაი მთელ მსოფლიოში ფართოდ არის გავრცელებული. მაღაზიები, შემსწავლელი სკოლები, წიგნები, მოყვარულთა კლუბები, უამრავი საიტი ინტერნეტში, სადაც მოთავსებულია, როგორც სასწავლო ინფორმაცია, ასევე კომერციული წინადადებები, უამრავი ფოტომასალა, რჩევები ფორმირებისთვის საჭირო მასალებზე, ინსტრუმენტებზე და მრავალი სხვა რამ. მოკლედ ბონსაი ყოველწლიურად უფრო და უფრო პოპულარული ხდება.
ასეთ პოპულარობას აქვს უარყოფითი მხარე. ბონსაის მასიურად, კომერციული მიზნით წარმოებამ უამრავი დაბალი ხარისხის პროდუქცია შექმნა. ბონსაი იყიდება სუპერმარკეტებში, მცენარეების მაღაზიებში, შესაძლებელია ინტერნეტით შეკვეთაც კი. როგორც ამბობენ, გემოვნებაზე არ დავობენ, მაგრამ ძალიან ხშირ შემთხვევაში გასაყიდად გამოაქვთ მცენარე, რომელიც არ არის შექმნილი ბონსაის ტრადიციის გათვალისწინებით. ასეთ მინიატურულ მცენარეს მხოლოდ პირობითად შეიძლება ვუწოდოთ ბონსაი, მარტო იმის საფუძველზე რომ პატარაა და ქოთანში იზრდება. ნამდვილი ბონსაის შექმნას საკმაოდ დიდი დრო და გამოცდილება სჭირდება, ამიტომ ასეთი ეგზემპლარები ჩვენს დროსაც საკმაო იშვიათობას წარმოადგენს.